Miranda sinh ở Thành phố New York[1] và lớn lên ở khu phố Inwood, là con trai của Luz Towns, một nhà tâm lý học lâm sàng, và Luis A. Miranda, Jr., một nhà tư vấn của Đảng Dân chủ đã cố vấn cho thị trưởng Thành phố New York Ed Koch.[6][7] Miranda có một chị gái, Luz, là Giám đốc Tài chính của Tập đoàn MirRam.[8] Trong thời thơ ấu và tuổi thiếu niên, ông đã dành ít nhất một tháng mỗi năm với ông bà của mình trong Vega Alta, Puerto Rico.[9][10] Anh ta hầu hết là người gôsc Puerto Rico. Tổ tiên của mẹ anh bao gồm một cặp vợ chồng chủng tộc, Sophie, người da đen và David Towns, người da trắng; từ đầu những năm 1800, cặp vợ chồng này đã dành cuộc sống hôn nhân của họ để cố gắng vượt qua chế độ nô lệ khi luật pháp và chính phủ thay đổi xung quanh họ. Các chi nhánh của gia đình Towns chủ yếu kết hôn với vợ hoặc chồng người Mexico ở Texas và Mexico, và về phần mình, Miranda đã mô tả tổ tiên của mình là một phần tư người Mexico.[7][11][12] Cái tên "Lin-Manuel" được lấy cảm hứng từ một bài thơ về Chiến tranh Việt Nam, Nana roja para mi Hijo Lin Manuel , của nhà văn người Puerto Rico. José Manuel Torres Santiago.[13][14]